R包 VarExp

2023-06-13 15:10:03

R包VarExp的实现（针对linux系统）1先把RCurl下载下载第一个圈或者第二个圈（忘了下载的那个了）2下载VarExp下载这个圈住的格式3在Rstudi

R包VarExp的实现（针对linux系统）

1先把RCurl下载

下载第一个圈或者第二个圈（忘了下载的那个了）

2下载VarExp

下载这个圈住的格式

3在Rstudio里安装RCurl 和VarExp

以Install去本地载入刚下载的包

点下边这个Package Archive File

4遇到没有bitops这个程辑包错误时，在Rstudio里Install 这个包

这个包就是点CRAN

然后继续运行会出现tabix的错误https://gitlab.pasteur.fr/statistical-genetics/VarExp/-/issues/2

这个网址里的错误跟我们一样，我们需要先下载需要下载的东西

即后边这两个网址都把东西下载了

http://bochet.gcc.biostat.washington.edu/beagle/1000_Genomes_phase3_v5a/b37.vcf/chr1.1kg.phase3.v5a.vcf.gz

http://bochet.gcc.biostat.washington.edu/beagle/1000_Genomes_phase3_v5a/b37.vcf/chr1.1kg.phase3.v5a.vcf.gz.tbi

然后下载完后还需要需要运用samtools软件里的tabix（这个软件是linux系统下的）

所以下载这个软件，往linux里输入

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels conda-forge

conda install samtools==1.11

（上边这里的三条命令输入到你linux系统里，然后成功后就有samtools了。这命令的基础是我安装了conda的环境）

接下来的是在R语言输入的东西

old_path <- Sys.getenv("PATH")

Sys.setenv(PATH = paste(old_path, "这里是你安装的samtools的所在位置", sep = ":"))

C <- getGenoCorMatrix(GWAS$RSID, GWAS$CHR, GWAS$POS, GWAS$A0, "EUR", pruning = FALSE, web=FALSE, path='~/Downloads/chr1.1kg.phase3.v5a.vcf.gz')

这里最后一行的path指的是你下载的chr1.1kg.phase3.v5a.vcf.gz的所在路径

然后就可以一直运行了